Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie wywodzi się z działalności wydawniczej prowadzonej przez pracowników i studentów Wydziału Rolnego i Weterynaryjnego UMCS w latach 1944-1955. W latach 1944-1949 wydano 18 skryptów dla studentów tych wydziałów, część z nich nakładem Sekcji Skryptowej Studenckiego Koła Rolników. 

Jako samodzielna jednostka organizacyjna Wydawnictwo rozpoczęło funkcjonowanie najpierw w strukturze Wyższej Szkoły Rolniczej (od 1955), potem Akademii Rolniczej (od 1972), obecnie (od 2008 r.) jest jednostką Uniwersytetu Przyrodniczego.

W latach 1956-1966 za publikacje odpowiedzialna była Uczelniana Komisja Wydawniczo-Skryptowa, w której skład wchodzili redaktorzy wydziałowi. Przewodniczącym Komisji był prorektor do spraw nauczania. Na przykład w roku 1958 w posiedzeniach Komisji brali udział: prof. dr Stefan Ziemnicki – prorektor, prof. dr Gabriel Brzęk (Wydz. Zootechniczny), prof. dr Henryk Romanowski (Wydz. Rolny), prof. dr Eugeniusz Żarnowski (Wydz. Weterynaryjny), przedstawiciel ZSP, kierownik Działu Nauczania mgr Jan Grzeszczyk. Zapraszani byli także autorzy skryptów, których wydanie aktualnie omawiano. Zgodnie z wytycznymi Ministerstwa Komisja ustalała plany wydawnicze, wybierała recenzentów, określała wysokość honorariów dla autorów, ustalała ceny i zajmowała się dystrybucją książek. Obsługę administracyjną działalności wydawniczej prowadzono w Dziale Nauczania do 1966 r., a skład i druk skryptów zlecano zakładom poligraficznym Politechniki Warszawskiej oraz Uniwersytetu Jagiellońskiego. W tym okresie ukazały się 23 skrypty. Prace naukowe publikowano w czasopiśmie „Annales UMCS” (od 1946 r.) oraz w powstałym już 1945 r. w Lublinie ogólnopolskim naukowym czasopiśmie „Medycyna Weterynaryjna”.

W roku akademickim 1966/67 powołano Senacką Komisję Dydaktyczną i Wydawniczą (od 1971 r. Komisja Wydawnicza), której kompetencje były podobne do działającej wcześniej komisji uczelnianej. Z jej inicjatywy w 1967 r. wydzielono w Dziale Nauczania Sekcję Wydawnictw, a jej kierownictwo powierzono mgr Janinie Gilas (późn. Wojtala). Pierwszą przewodniczącą komisji wydawniczej była prof. dr hab. Teresa Hulewiczowa (1966). W latach 1971-1973 obsługą działalności komisji zajmował się Dział Kadry Naukowej i Wydawnictw, w którego skład weszła Sekcja Wydawnictw.

W 1973 r. rektor AR powołał Zespół Wydawniczy w składzie: prof. Jacek Orzechowski (prorektor), prof. Edmund Prost (redaktor), mgr Janina Gilas (sekretarz). Zespół opracował zasady funkcjonowania jednostki zajmującej się działalnością wydawniczą w uczelni. Redakcja Wydawnictw była jednostką o charakterze pozawydziałowym, podlegała prorektorowi ds. nauki, a jej strukturę tworzyli: redaktor naczelny (do 1981 r. prof. Edmund Prost), a od 1981 r. redaktor naukowy (do 2003 r. prof. Elżbieta Pełczyńska) oraz pracownicy redakcyjni. Kierownikiem Redakcji Wydawnictw była Janina Wojtala, pełniąc jednocześnie funkcję zastępcy redaktora naczelnego (od 1973 r. do 31 grudnia 2000 r.). Od 1 kwietnia 2001 r. do 31 sierpnia 2016 r. kierownikiem i zastępcą redaktora naczelnego Wydawnictwa była red. Ewa Zawadzka-Mazurek. Od 1 września 2016 r. kierownikiem i zastępcą redaktora naczelnego jest red. Anna Wypychowska.

Wspólnie z Senacką Komisją Wydawniczą przygotowywane były plany wydawnicze oraz kwalifikowane prace do publikacji. Poza publikacjami dydaktycznymi (skrypty wykładowe, przewodniki do ćwiczeń), w Redakcji przygotowywano do druku rozprawy habilitacyjne w serii wydawniczej Rozprawy Naukowe.

W latach 70. wydawano w ciągu roku akademickiego ok. 200 ark. wyd. publikacji dydaktycznych (23 tytuły), ok. 30 ark. wyd. rozpraw naukowych oraz ok. 10 ark. wydawnictw informacyjnych (foldery, bibliografie, składy osobowe itp.). Publikacje drukowano w powstałej w uczelni w 1973 r. Pracowni Poligraficznej, a także w zakładach graficznych KUL oraz PWN w Łodzi. Kolportaż wydawnictw prowadził „Dom Książki” poprzez swoje księgarnie. Od 1971 r. funkcjonował także w uczelni punkt sprzedaży skryptów. Redakcja prowadziła także wymianę publikacji z innymi wydawnictwami uczelnianymi polskimi i zagranicznymi.

Publikacje miały początkowo skromna szatę edytorską i graficzną. We własnym zakresie przygotowywano składy maszynopisowe i matryce do druku. W latach 80. zakupione zostały nowoczesne wówczas maszyny IBM, dzięki którym można było stosować różne kroje pisma i tym samym wzbogacić stronę edytorską publikacji. W latach 90. zaczęto korzystać z usług plastyka w zakresie projektowania okładek.

Od 1997 r. z inicjatywy ówczesnego rektora AR Mariana Wesołowskiego ukazuje się czasopismo uczelniane „Aktualności” (kwartalnik do 2017 r., obecnie dwumiesięcznik) , mające charakter informacyjny i popularnonaukowy.

W 1998 r. decyzją rektorów polskich rolniczych szkół wyższych utworzono pierwsze czasopismo internetowe Electronic Journal of Polish Agricultural Universities, którego 2 serie: Agricultural Engineering oraz Horticulture redagowane są w naszej uczelni. Przedstawicielem UP w Lublinie w Radzie Programowej był i jest nadal prof. dr hab. Franciszek Kluza, który jest jednocześnie przewodniczącym Rady Naukowej serii Agricultural Engineering. Pierwszym przewodniczącym Rady Naukowej serii Horticulture był prof. dr hab. Jan Dyduch, obecnie jest nim dr hab. Andrzej Sałata. Czasopismo publikowane w języku angielskim jest dostępne na stronie www.ejpau.media.pl.

Wiosną 2003 r. Wydawnictwo nawiązało współpracę z Oddziałem Lubelskim Polskiej Akademii Nauk, której owocem jest publikowanie czasopisma „Teka”. 

W 2002 r. powołane zostało nowe czasopismo polskich uczelni rolniczych „Acta Scientiarum Polonorum”. Dwie serie: Hortorum Cultus (Ogrodnictwo) i Technica Agraria (Inżynieria Rolnicza) redagowane są w naszym Wydawnictwie. Przewodniczącą Rady Naukowej serii Hortorum Cultus jest obecnie dr hab. Renata Nurzyńska-Wierdak, serii Technica Agraria prof. dr hab. Franciszek Kluza.

W roku akademickim 2002/2003 przeprowadzona została reorganizacja jednostki. Na podstawie uchwały Senatu AR zostało utworzone Wydawnictwo Akademii Rolniczej w miejsce dotychczasowej Redakcji Wydawnictw. Zatwierdzono także regulamin organizacyjny Wydawnictwa. Komitet Redakcyjny składa się z przedstawicieli wszystkich wydziałów, a jego przewodniczący jest redaktorem naczelnym Wydawnictwa. W kwietniu 2008 r. Akademia Rolnicza została przekształcona w Uniwersytet Przyrodniczy, a Wydawnictwo przyjęło obecną nazwę.

W ramach Wydawnictwa obecnie działają następujące redakcje: Publikacji Dydaktycznych i Popularnonaukowych, Rozpraw Naukowych Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie, Agronomy Science (wcześniej Annales UMCS sec. E Agricultura), Journal of Animal Science, Biology and Bioeconomy (wcześniej Annales UMCS sec. EE Zootechnica), Annales Horticulturae (wcześniej Annales UMCS sec. EEE Horticultura), Acta Scientiarum Polonorum (2 serie: Hortorum Cultus i Technica Agraria), Aktualności Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie. 

Ponadto Wydawnictwo przygotowało publikacje z okazji 50-lecia uczelni oraz księgi pamiątkowe wydziałów. W ramach rozszerzania oferty wydawniczej ukazały się także wspomnienia pracowników uczelni, „Piesni i piosenki na biesiadę z zespołem Jawor”, album malarstwa Krystyny Rudzkiej-Przychody „Uśmiech rośliny”, tom wierszy Tadeusza Chabrowskiego (poety polonijnego z Chicago) „Zielnik Sokratesa”  czy tom poezji Stanisława Mleko „Kamienne drzwi”.