W dniu 17 czerwca 2005 roku Senat Akademii Rolniczej w Lublinie podjął uchwałę (nr 21/2005-2006) “W sprawie utworzenia Wydziału Nauk o Żywności i Biotechnologii” z dniem 1 lipca 2005 roku. Na pełnomocnika ds. organizacji Wydziału Rektor prof. dr hab. Zdzisław Targoński powołał prof. dr hab. Barbarę Baraniak. Historia Wydział Nauk o Żywności i Biotechnologii ma swój początek na Wydziale Rolniczym, z którego się wywodzi, a rozwój Jego został wsparty również kadrą z Wydziału Inżynierii Produkcji. W skład wydziału weszły następujące jednostki:   Katedra Biochemii i Chemii Żywności, Katedra Chemii, Katedra Przetwórstwa Owoców i Warzyw, Katedra Technologii Przemysłu Rolno-Spożywczego i Przechowalnictwa, Zakład Analizy i Oceny Jakości Żywności, Zakład Projektowania Procesów Produkcyjnych, Zakład Przetwórstwa Surowców Pochodzenia Zwierzęcego.

Wydział Nauk o Żywności i Biotechnologii rozpoczął samodzielną działalność z dniem 1 stycznia 2006 roku. Pierwszym dziekanem została  prof. dr hab. Barbara Baraniak, a funkcje prodziekanów objęli prof. dr hab. Izabella Jackowska oraz prof. dr hab. Stanisław Mleko. W 2005 roku na Wydziale zatrudnionych było 90 pracowników, w tym 63 nauczycieli akademickich. Większość jednostek Wydziału, poza Katedrą Chemii, w tym także dziekanat, otrzymały pomieszczenia w nowym obiekcie przy ul. Skromnej 8, o powierzchni 5 942 m² i kubaturze 30 500 m³, który oddano do użytku w dniu inauguracji roku akademickiego 2005/2006.

Z dniem 26 czerwca 2006 roku Wydział uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk rolniczych w dyscyplinie technologia żywności i żywienia. Natomiast z dniem 27 kwietnia 2009 roku Centralna Komisja do Spraw Stopni i Tytułów przyznała Wydziałowi Nauk o Żywności i Biotechnologii Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk rolniczych w dyscyplinie technologia żywności i żywienia.

Od początku funkcjonowania na Wydziale prowadzono dwa kierunki nauczania: Technologia żywności i żywienie człowieka i Biotechnologia. Wydział systematycznie poszerzał swoją ofertę edukacyjną. Efektem tych działań było powołanie w dniu 26 stycznia 2010 roku przez Senat Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie nowego kierunku kształcenia – Dietetyka studia pierwszego stopnia (uchwała nr 21/2009–2010). Od roku akademickiego 2014/2015 uruchomiono kierunek studiów Żywienie Człowieka i Dietetyka, powołany uchwałą Senatu Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie nr 11/2013–2014, który funkcjonował do 2019 roku. Kolejnym kierunkiem, uruchomionym na Wydziale, była Gastronomia i sztuka kulinarna — studia pierwszego stopnia, uruchomione w 2014 roku na podstawie uchwały Senatu UP w Lublinie nr 42/2013–2014. W 2016 roku uchwałą Senatu UP w Lublinie (nr 36/2015–2016) utworzono studia drugiego stopnia na kierunku Dietetyka. Kierunek Technologia Żywności i Żywienie Człowieka jest również oferowany w języku angielskim jako Food technology and human nutrition – studia I i IIstopnia.

W 2015 roku w skład Wydziału wchodziły następujące jednostki: Katedra Biotechnologii, Żywienia Człowieka i Towaroznawstwa Żywności z Zakładem Technologii Mleka i Hydrokoloidów, Poradnią Dietetyczną oraz Pracownią Żywności Ekologicznej Pochodzenia Roślinnego; Katedra Chemii z Pracownią Chemii Zbóż i Pracownią Fitochemii; Katedra Biochemii i Chemii Żywności; Katedra Technologii Mięsa i Zarządzania Jakością; Katedra Analizy i Oceny Jakości Żywności; Katedra Technologii Owoców, Warzyw i Grzybów oraz Katedra Inżynierii i Technologii Zbóż.

W ciągu 10 lat istnienia Wydział Nauk o Żywności i Biotechnologii intensywnie się rozwijał. W 2015 roku zatrudniał 101 pracowników, w tym 76 nauczycieli akademickich – 9 profesorów zwyczajnych, 4 profesorów nadzwyczajnych oraz 11 doktorów habilitowanych. Podsumowaniem pierwszej dekady działalności Wydziału był jego jubileusz, połączony z XLII Sesją Naukową Komitetu Nauk o Żywności PAN, pod hasłem „Żywność – Zdrowie – Przyszłość”, zorganizowaną w dniach 25–26 czerwca 2015 roku w Centrum Kongresowym Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie.

W 2018 roku oddano do użytku niezwykle potrzebną salę dydaktyczną – Pracownię Gastronomiczną. Pracownia powstała przede wszystkim z myślą o najmłodszym kierunku prowadzonym na Wydziale – Gastronomii i sztuce kulinarnej, jednak wykorzystywana jest również do realizacji zajęć na kierunkach: Technologia żywności i żywienie człowieka oraz Dietetyka.

Wraz z wejściem w życie nowej ustawy – Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce z dnia 20 lipca 2018 r. – w funkcjonowaniu Wydziału zaszło wiele zmian. Zlikwidowana została Rada Wydziału, a w jej miejsce powołano Kolegium Wydziału i Radę Dyscypliny Technologia Żywności i Żywienia. Ostatnie posiedzenie Rady Wydziału pod przewodnictwem dziekan prof. dr hab. Izabelli Jackowskiej odbyło się 26 września 2019 r.. Kompetencje Rady Wydziału związane z postępowaniami w sprawie nadania stopnia naukowego doktora i doktora habilitowanego przejęła Rada Dyscypliny. Pierwszym przewodniczącym Rady Dyscypliny Technologia Żywności i Żywienia został prof. dr hab. Waldemar Gustaw a zastępcą przewodniczącego prof. dr hab. Michał Świeca.

W 2022 roku Wydział wzbogacił się o niezbędną w badaniach naukowych i procesie kształcenia Pracownię Sensoryczną, funkcjonującą w ramach Katedry Analizy i Oceny Jakości Żywności. Pracownia powstała dzięki zaangażowaniu prof. dr hab. Urszuli Pankiewicz oraz dr hab. Moniki Sujki, prof. uczelni.

Lata 2015 -2025 to okres dalszego intensywnego rozwoju Wydziału Nauk o Żywności i Biotechnologii. Obecnie w skład Wydziału wchodzi siedem katedr: Analizy i Oceny Jakości Żywności, Biochemii i Chemii Żywności, Biotechnologii, Mikrobiologii i Żywienia Człowieka, Chemii, Inżynierii i Technologii Zbóż, Technologii Żywności Pochodzenia Roślinnego i Gastronomii, Technologii Żywności Pochodzenia Zwierzęcego oraz jednostka ogólnowydziałowa – Pracownia Gastronomiczna. W strukturach katedr funkcjonują również zakłady i pracownie.

W Wydziale zatrudnionych jest 79 nauczycieli akademickich, w tym: 19 profesorów tytularnych, 17 doktorów habilitowanych, 39 doktorów oraz 4 magistrów. Dodatkowo pracuje 21 pracowników inżynieryjno-technicznych oraz 4 pracowników dziekanatu.

Wszystkie  realizowane przez Wydział Nauk o Żywności i Biotechnologii kierunki studiów w roku 2021 uzyskały pozytywną ocenę Polskiej Komisji Akredytacyjnej  na okres 6 lat. W ocenie parametrycznej jednostek za lata 2013–2016 Wydział uzyskał kategorię A. W ramach ewaluacji dyscyplin za lata 2017–2021, dyscyplina „technologia żywności i żywienia”, reprezentowana w przeważającej mierze przez pracowników Wydziału, otrzymała kategorię A.

Pracownicy Wydziału Nauk o Żywności i Biotechnologii pełnili w strukturach Uniwersytetu znaczące funkcje: Rektora – prof. dr hab. Zdzisław Targoński  (2002-2008), prorektora – prof. dr hab. Adam Waśko (2018–2020 ) oraz prof. dr. hab. Bartosz Sołowiej na (2020–2024 oraz 2024–2028)

Pracownicy Wydziału są cenieni przez środowisko naukowe w kraju i za granicą. Najbardziej zaszczytnym tytułem doktora honoris causa został wyróżniony prof. dr hab. Zdzisław Targoński przez Narodowy Uniwersytet Rolniczy w Kijowie w 2007 roku, Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu w 2015 roku i Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie w 2019 roku.

Na początku 2023 roku, decyzją Dziekana Wydziału, prof. dr. hab. Waldemara Gustawa powołana została Rada Ekspertów i Interesariuszy Zewnętrznych – ciało opiniodawczo-doradcze i konsultacyjne, powstałe w trosce o zapewnienie wysokiej jakości kształcenia i prowadzonych badań. W skład Rady weszli przedstawiciele otoczenia społeczno-gospodarczego. Jednym z kluczowych działań związanych z działalnością Rady stały się coroczne Wydziałowe Targi Staży i Pracy.

Nowoczesna i ciągle poszerzana infrastruktura Wydziału zapewnia znakomite zaplecze do realizacji ambitnych badań oraz procesu dydaktycznego. Sale półtechniki znajdujące się na Wydziale są miejscem gdzie nauka spotyka się z praktyką. Są one w pełni wyposażone w aparaturę technologiczną niezbędną do prowadzenia eksperymentów naukowych i kształcenia studentów w warunkach zbliżonych do przemysłowych. Sale półtechniki zapewniają bardzo dobre warunki do współpracy z otoczeniem gospodarczym.

Działalność Wydziału jest ściśle powiązana z aktywnością studentów. Na Wydziale działa 9 kół naukowych, w których studenci realizują swoje pasje naukowe, a także corocznie angażują się w wydarzenia takie jak Dni otwarte, Lubelski Festiwal Nauki oraz współprowadzą warsztaty dla uczniów. W przerwach między zajęciami studenci mogą korzystać ze specjalnie zaaranżowanych przestrzeni wypoczynkowych na wszystkich piętrach budynku, które zostały oddane do użytku w 2024 roku.

Podsumowaniem działalności w drugiej dekadzie istnienia Wydziału Nauk o Żywności i Biotechnologii był jego Jubileusz, który odbył się w dniach 22-24 września 2025 r. połączony z Międzynarodową Konferencją Naukową pt. „Żywność w zrównoważonym świecie”.