W dniu 17 czerwca 2005 roku Senat Akademii Rolniczej w Lublinie podjął uchwałę (nr 21/2005-2006) “W sprawie utworzenia Wydziału Nauk o Żywności i Biotechnologii” z dniem 1 lipca 2005 roku. Na pełnomocnika ds. organizacji Wydziału Rektor prof. dr hab. Zdzisław Targoński powołał prof. dr hab. Barbarę Baraniak.

W skład wydziału weszły następujące jednostki funkcjonujące dotychczas w ramach Wydziału Rolniczego:

• Katedra Biochemii i Chemii Żywności,
• Katedra Chemii,
• Katedra Przetwórstwa Owoców i Warzyw,
• Katedra Technologii Przemysłu Rolno-Spożywczego i Przechowalnictwa,
• Zakład Analizy i Oceny Jakości Żywności
• Zakład Projektowania Procesów Produkcyjnych,
• Zakład Przetwórstwa Surowców Pochodzenia Zwierzęcego,
• Podyplomowe Studium Zarządzania Jakością w Produkcji Żywności.

Zgodnie z uchwałą, do 31 grudnia 2005 roku jednostki funkcjonujące w ramach Wydziału Rolniczego (Oddział Technologii Żywności i Żywienia, który został zniesiony, Katedra Chemii oraz Katedra Biochemii i Chemii Żywności) zostały przeniesione na Wydział Nauk o Żywności i Biotechnologii.

Okres od 1 lipca 2005 roku do 31 grudnia 2005 roku był okresem organizacji Wydziału. W tym czasie powołano komisję wyborczą, która przeprowadziła wybory elektorów z grup pracowniczych niebędących samodzielnymi nauczycielami akademickimi oraz wybory przedstawicieli do Rady Wydziału. Samorząd studencki dokonał wyboru przedstawicieli studentów i elektorów spośród studentów. W grudniu elektorzy wybrali dziekana i prodziekanów Wydziału Nauk o Żywności i Biotechnologii. Od października 2006 roku jednostki przeniesione w struktury Wydziału (z wyjątkiem Katedry Chemii) zasiedliły nowy, powstały dla jego potrzeb, budynek przy ul. Skromnej 8.

Od 1 stycznia 2006 roku Wydział rozpoczął funkcjonowanie jako szósty Wydział Akademii Rolniczej w Lublinie. Większość samodzielnych pracowników Wydziału było członkami Komisji powołanej na Wydziale Rolniczym do przeprowadzania obron rozpraw doktorskich z dyscypliny technologia żywności i żywienia, bowiem wydział ten od 25 lutego 2002 roku posiadał, nadane przez Centralną Komisję do Spraw Stopni i Tytułów uprawnienie do nadawania stopnia naukowego doktora nauk rolniczych w dyscyplinie technologia żywności i żywienia. Od chwili otrzymania uprawnień Rada Wydziału Rolniczego nadała 19-stu osobom stopień naukowy doktora nauk rolniczych w dyscyplinie technologia żywności i żywienia. Obecnie uprawnienia takie ma Wydział Nauk o Żywności i Biotechnologii – na podstawie złożonego w styczniu 2006 roku wniosku, Centralna Komisja do Spraw Stopni i Tytułów po zasięgnięciu opinii Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego przyznała Wydziałowi z dniem 26-go czerwca 2006 roku uprawnienie do nadawania stopnia naukowego doktora nauk rolniczych w dyscyplinie technologia żywności i żywienia.

Z dniem 27 kwietnia 2009 roku Centralna Komisja do Spraw Stopni i Tytułów, działając na podstawie art. 5 ust. 2 ustawy z dnia 14 marca 2003 roku o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki (Dz.U. nr 65, poz. 595 ze zmianami Dz.U. z 2005 roku nr 164, poz. 1365), po zasięgnięciu opinii Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego, postanowiła przyznać Wydziałowi Nauk o Żywności i Biotechnologii Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk rolniczych w dyscyplinie technologia żywności i żywienia.

Od 1 października 2009 roku na Wydziale Nauk o Żywności i Biotechnologii prowadzone są czteroletnie stacjonarne studia doktoranckie w dyscyplinie naukowej technologia żywności i żywienia.