Historia Zakładu datuje się od powstania w 1944r. Lubelskiego Wydziału Weterynaryjnego w Uniwersytecie Marii Curie-Skłodowskiej. Od początku istnienia Zakładu Histologii i Embriologii prowadzone były zajęcia ze studentami Wydziału Weterynaryjnego oraz Wydziału Lekarskiego przez zastępcę profesora dr hab. Stanisława Grzyckiego. W 1948 r. utworzono Katedrę Histologii i Embriologii, która do 1952r. mieściła się w Collegium Maius przy ul. Lubartowskiej. Następnie została przeniesiona do pomieszczeń przy Al. Racławickich, gdzie przekształcono ją w Zakład i włączono do Katedry Anatomii Zwierząt. Od 1957r. do chwili obecnej Zakład Histologii i Embriologii znajduje się w Collegium Veterinarium przy ul. Akademickiej 12. W 1970r. wraz z powstaniem instytutów, Zakład włączono do Instytutu Anatomii Zwierząt. Przejściowo w latach 2000-2003 funkcjonował w Katedrze Anatomii Zwierząt, a od roku 2003r. Zakład Histologii i Embriologii jest jednostką naukowo-dydaktyczną w Katedrze Anatomii i Histologii Zwierząt.

W latach 1948-1955 kierownikiem Katedry Histologii i Embriologii, a następnie Zakładu była dr Stanisława Słowikowska początkowo jako zastępca profesora, a potem jako docent. Od 1955r. prowadzenie dydaktyki przejął adiunkt dr Marek Wawrzyniak, absolwent Wydziału Weterynaryjnego. W 1960 r. uzyskał stopień docenta i od października 1961 r. objął funkcję kierownika Zakładu. W 1968r. uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego, a w roku 1977 tytuł profesora zwyczajnego. Funkcje kierownika Zakładu sprawował do sierpnia 1985 r.. Po śmierci prof. dr hab. Marka Wawrzyniaka na stanowisko kierownika Zakładu powołano doc. dr hab. Reginę Cybulską absolwentkę i doktorantkę Wydziału Weterynaryjnego. Funkcję tą sprawowała do 31 sierpnia 2009r., po czym przeszła na emeryturę. Od 1 września 2009r. kierownictwo Zakładu objęła absolwentka lubelskiego Wydziału Weterynaryjnego, prof. dr hab. Jadwiga Jaworska-Adamu. Od 1 października 2013r. objęła kierownictwo Katedry Anatomii i Histologii Zwierząt.

Nauczycielami akademickimi w Zakładzie Histologii i Embriologii byli:
prof. dr Stanisław Grzycki, dr Tadeusz Wiśniewski, dr Bolesław Goller, dr Stefan Kossakowski, lek. wet. Hieronim Kita, lek. wet. Danuta Bobkiewicz, lek. wet. Józef Flis, lek. wet. Aleksander Wojtaszek, dr Tamara Majstruk-Majewska, mgr Krystyna Radymska-Wawrzyniak, mgr Marian Niespodziewański, mgr Maria Chudziak, lek. wet. Stanisław Krzyżanowski, lek. wet. Marek Mucha, lek. wet. Tomasz Korzeń, lek. wet. Witold Cybulski, prof. dr hab. Marek Wawrzyniak, prof. dr hab. Regina Cybulska, dr hab. Agata Wawrzyniak. Na stanowiskach inżynieryjno-technicznych pracowali: inż. Irena Krzyżanowska, mgr Zofia Rzeszowska, mgr Teresa Grabowska, Halina Kowalska, mgr Janina Dulęba, lek. wet. Teresa Dłużniewska, lek. wet. Małgorzata Kalinowska, Danuta Słotwińska, lek. wet. Izabela Krawczyk, mgr Małgorzata Stola.

Kierunek badawczy Zakładu dotyczył głównie rozwoju, budowy, histochemii i cytochemii układu nerwowego zwierząt. Wykonano także cykl badań nad wpływem niektórych antybiotyków podawanych w celach żywieniowych i terapeutycznych na błonę śluzową jelita kurcząt. Profil badawczy wytyczony przez prof. dr hab. Marka Wawrzyniaka został rozszerzony przez prof. dr hab. Reginę Cybulską o badania neurogleju, który strukturalnie i czynnościowo związany jest z ośrodkowym i obwodowym układem nerwowym. Obecnie prace są kontynuowane i poszerzane o nowoczesne metody immunocytochemiczne i immunofluorescencyjne.