Rolnictwo i rozwój sektora Agro łączą się obecnie ściśle z zastosowaniem nowoczesnych technik i rozwiązań z różnych dziedzin i dyscyplin. Prace badawcze z tego zakresu wymagają w związku z tym integracji metod badawczych i podejścia interdyscyplinarnego. Prowadzone obecnie na Uniwersytecie Przyrodniczym badania z zakresu rolnictwa i ogrodnictwa w coraz większym stopniu zintegrowane są m.in. z wykorzystaniem innowacyjnych metod biotechnologicznych. Realizowane badania charakteryzuje podejście multiomiczne polegające na analizie danych na wielu różnych poziomach. Dwa najszybciej rozwijające się kierunki badań stanowią badania z zakresu genomiki i fenomiki.

1. Fenomika roślin
2. Genomika i transkryptomika roślin uprawnych
3. Podnoszenie odporności owsa na choroby grzybowe
4. Genetyka, hodowla i biotechnologia roślin jagodowych
5. Stan fizyczny i chemiczny gleb naturalnych i antropogenicznych
6. Degradacja i rekultywacja gleb oraz gospodarka odpadami
7. Optymalizacja technologii uprawy roślin rolniczych
8. Biologiczne i agrotechniczne aspekty produkcji roślin zielarskich, przemysłowych i energetycznych
9. Badania nad chwastami odpornymi na herbicydy
10. Optymalizacja efektywności grzybów zdolnych do detoksykacji ścieków przemysłowych zawierających substancje barwne
11. Potencjał aplikacyjny nanocząstek w nawożeniu i ochronie roślin
12. Aspekty nawozowe, jakościowe i środowiskowe kształtujące plony roślin uprawianych na cele żywnościowe, paszowe i energetyczne
13. Proekologiczne aspekty uprawy roślin
14. Ochrona i kształtowanie krajobrazu rolniczego oraz gospodarowanie zasobami przyrodniczymi i kulturowymi zgodnie z ideą zrównoważonego rozwoju
15. Środowisko naturalne i antropogeniczne
16. Zagospodarowywanie odpadów z udziałem mikroorganizmów i badania bioróżnorodności mikroorganizmów różnych środowisk
17. Wykorzystanie parametrów bioróżnorodności, aktywności mikrobiologicznej, biochemicznej, enzymatycznej oraz fitotoksyczności gleb w monitorowaniu stanu gleb uprawnych i gleb zdegradowanych rekultywowanych odpadami

Obszary badawcze realizowane w ramach nauk inżynieryjnych (dyscypliny inżynieria środowiska, górnictwo i energetyka (IŚGiE) i inżynieria mechaniczna (IM)) są bezpośrednio związane z zieloną gospodarką, która jest definiowana jako gospodarka, która wpływa na wzrost dobrobytu ludzi i równości społecznej jednocześnie zmniejszając zagrożenia środowiskowe i niedobór zasobów naturalnych. Tak zwane „zazielenianie gospodarki” w Unii Europejskiej, według strategii Europa 2020, obejmuje rozwój czystych technologii, odnawialnych źródeł energii, efektywności energetycznej, zrównoważonej konsumpcji i produkcji, zintegrowanej polityki produktowej, zamówień zielonych, zielonych miejsc pracy i środowiska reformy fiskalnej.

1. Inżynieria produkcji
2. Gospodarka wodno-ściekowa
3. Ochrona i kształtowanie zasobów wód oraz ekosystemów wodnych
4. Ekoenergetyka
5. Gospodarka odpadami
6. Zachowanie równowagi środowiska
7. Minimalizowanie niekorzystnych oddziaływań procesów przetwórczych na środowisko