Promotor: prof. dr hab. Sylwia Okoń
Kierownik projektu: dr inż. Tomasz Ociepa
Dyscyplina: Rolnictwo i Ogrodnictwo

Tytuł projektu:

„Analiza wpływu oraz identyfikacja sekwencji niekodującego RNA (miRNA oraz lncRNA) w transkryptomach roślin owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), indukowana infekcją grzybów z rodzaju Blumeria oraz Puccinia”

Projekt finansowany jest przez Narodowe Centrum Nauki z programu „SONATA 19”

Cel projektu:

Celem naukowym projektu jest identyfikacja cząsteczek niekodującego RNA, ze szczególnym uwzględnieniem miRNA oraz lncRNA w transkryptomach roślin owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), podczas stresu wywołanego infekcją przez grzyby z rodzaju Puccinia oraz Blumeria. Badania w projekcie będą prowadzone na poziomie transkryptomu z wykorzystaniem najnowocześniejszych technik biologii molekularnej, tj. technologii sekwencjonowania nowej generacji (NGS) bazujących na krótkich (Illumina) oraz długich (Oxford Nanopore) odczytach, qPCR czy dPCR. Zaplanowane w projekcie badania będą pierwszymi tego typu badaniami dotyczącymi struktur niekodującego RNA u owsa zwyczajnego. W ramach projektu zostanie również przeprowadzona analiza porównawcza (ang. differential expression) na poziomie mRNA pomiędzy odmianami o zdefiniowanych genach odporności na mączniaka prawdziwego owsa, a odmianą nieposiadającą takich genów. Badania te będą stanowić podstawę rozprawy doktorskiej i zakładają identyfikację kluczowych, dotąd nieopisanych zmian na poziomie transkryptomu, powiązanych z odpornością na stres biotyczny. Analiza strukturalna i funkcjonalna pozwoli na dokładniejszą charakterystykę interakcji pomiędzy rośliną a patogenem, co wymiernie przełoży się na hodowlę odpornościową nowych odmian tego gatunku.